Nama Yogyakarta berasal dari dua kata, yaitu Ayogya atau Ayodhya yang berarti "kedamaian" (atau tanpa perang, a "tidak", yogya merujuk pada yodya atau yudha, yang berarti "perang"), dan Karta yang berarti "baik". Ayodhya merupakan kota yang bersejarah di India di mana wiracarita Ramayana terjadi. Tapak Keraton Yogyakarta sendiri menurut babad (misalnya Babad Giyanti) dan leluri (riwayat oral) telah berupa sebuah dalem yang bernama Dalem Garjiwati; lalu dinamakan ulang oleh Susuhunan Pakubuwana II menjadi Dalem Ayogya.